Paquet : q2-dada2 (2020.11.1-3)

[ Paquet source : q2-dada2  ]

greffon de QIIME 2 pour travailler avec des adaptateurs dans des données de séquence

QIIME 2 est un paquet pour l’analyse de microbiome, extensible et décentralisée avec une attention particulière sur la transparence des données et analyses. QIIME 2 permet aux chercheurs de commencer une analyse avec des données de séquences d’ADN et de terminer avec des figures et des résultats statistiques de qualité professionnelle. Principales caractéristiques :

 — suivi intégré et automatique de la provenance des données ;
 — système de type sémantique ;
 — système de greffons pour étendre les fonctionnalités d’analyse de
   microbiome ;
 — prise en charge de plusieurs types d’interface (par exemple, API,
   ligne de commande, graphique) ;

QIIME 2 est une nouvelle conception et une réécriture de la tuyauterie d’analyse de microbiome, QIIME 1. QIIME 2 corrigera la plupart des limitations de QIIME 1, tout en conservant les fonctions qui font de QIIME 1 une tuyauterie d’analyse puissante et largement utilisée.

QIIME 2 actuellement prend en charge une première tuyauterie d’analyse de microbiome de bout en bout. De nouvelles fonctionnalités seront régulièrement disponibles à travers des greffons de QIIME 2. Une liste de greffons peut être consultée sur la page de disponibilité de greffons de QIIME 2. La page des futurs greffons liste les greffons en cours de développement.

Ce paquet enveloppe le paquet de R dada2 de BioConductor pour la modélisation et la correction d’erreurs d’amplicon séquencé avec Illumina. Cela s’est avéré améliorer la sensibilité d’analyses variées.

Autres paquets associés à q2-dada2

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biom-format

  format de matrice d'observation biologique (BIOM) – Python 3

• dep: python3-skbio

  Python3 data structures, algorithms, educational resources for bioinformatic

• dep: q2-types

  QIIME 2 plugin defining types for microbiome analysis

• dep: qiime

  QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-dada2

  sample inference from amplicon sequencing data

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	385,0 ko	729,0 ko	[liste des fichiers]