Paquet : bitseq (0.7.5+dfsg-5)

[ Paquet source : bitseq  ]

inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage

BitSeq est une application pour inférer des niveaux d’expression de transcripts individuels depuis des données de séquençage (RNA-Seq) et pour estimer l’expression différentielle (DE) entre des « conditions ». Un avantage de cette approche est la capacité d’expliquer l’incertitude technique et la variance biologique pour éviter de faux appels DE. La contribution technique à l’incertitude vient depuis la profondeur de lecture finie et la correspondance potentiellement ambiguë de lectures depuis plusieurs transcripts.

Autres paquets associés à bitseq

• dep: libc6 (>= 2.23)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Télécharger bitseq

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	358,3 ko	1 906,0 ko	[liste des fichiers]