Paquet : grabix (0.1.7-2)

[ Paquet source : grabix  ]

wee tool for random access into BGZF files

In biomedical research it is increasing practice to study the genetic basis of disease. This now frequently comprises the sequencing of human sequences. The output of the machine however is redundant, and the real sequence is the best sequence to explain the redundancy. The exchange of data happens only with compressed files - to huge and redundant to perform otherwise. One should avoid uncompression whenever possible.

grabix leverages the fantastic BGZF library of the samtools package to provide random access into text files that have been compressed with bgzip. grabix creates it's own index (.gbi) of the bgzipped file. Once indexed, one can extract arbitrary lines from the file with the grab command. Or choose random lines with the, well, random command.

Autres paquets associés à grabix

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [non amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1) [non armel, armhf]

  Paquet indisponible

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: tabix

  indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger grabix

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	14,4 ko	56,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	13,9 ko	52,0 ko	[liste des fichiers]
armel	15,0 ko	51,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	14,4 ko	43,0 ko	[liste des fichiers]
i386	15,8 ko	55,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	15,0 ko	53,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	16,1 ko	52,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	14,9 ko	92,0 ko	[liste des fichiers]