Paquet : r-bioc-bitseq (1.34.0+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-bitseq  ]

inférence de transcription d’expression et analyse pour des données de RNA-seq

Le paquet BitSeq est destiné à l’analyse d’expression de transcription et l’analyse d’expression différentielle de données de RNA-seq data dans un processus en deux étapes. Dans la première, il utilise la méthode d’inférence bayésienne pour inférer l’expression de transcriptions individuelles d’expériences de RNA-seq particulières. La seconde étape de BitSeq englobe l’analyse d’expression différentielle d’expression de transcription. Fournissant une expression estimée à partir de réplications dans plusieurs conditions, le modèle Log-Normal des estimations est utilisé pour déduire l’expression de transcription d’espérance conditionnelle et classer les transcriptions en se basant sur la probabilité de l’expression différentielle.

Autres paquets associés à r-bioc-bitseq

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcurl4 (>= 7.18.0)

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-iranges

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-rhtslib (>= 1.15.5)

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.99.3)

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-deseq

  analyse d’expression différentielle de gène avec GNU R

• sug: r-bioc-edger

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

Télécharger r-bioc-bitseq

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armhf	1 047,6 ko	5 594,0 ko	[liste des fichiers]