Paquet : kleborate (2.3.1-2)

[ Paquet source : kleborate  ]

tool to screen Klebsiella genome assemblies

Kleborate is a tool to screen Klebsiella genome assemblies for:

 * MLST sequence type
 * species (e.g. K. pneumoniae, K. quasipneumoniae, K. variicola, etc.)
 * ICEKp associated virulence loci: yersiniabactin (ybt),
   colibactin (clb)
 * virulence plasmid associated loci: salmochelin (iro), aerobactin
   (iuc), hypermucoidy (rmpA, rmpA2)
 * antimicrobial resistance genes, including quinolone resistance SNPs
   and colistin resistance truncations
 * K (capsule) and O antigen (LPS) serotype prediction, via wzi alleles
   and Kaptive

Autres paquets associés à kleborate

• dep: kaptive

  obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies

• dep: kaptive-data

  données de référence pour Kaptive pour l’assemblage de génome de Klebsielles

• dep: mash

  estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-distutils

  paquet distutils pour Python⋅3.x

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
s390x	7 546,3 ko	61 970,0 ko	[liste des fichiers]