Paquet : quicktree (2.5-5)

[ Paquet source : quicktree  ]

algorithme Neighbor-Joining pour les phylogénies

QuickTree est une mise en œuvre efficace de l’algorithme Neighbor-Joining (PMID : 3447015), qui peut reconstruire des phylogénies à partir de grandes quantités d’alignements pour des temps inférieurs à l’âge de l’univers.

QuickTree accepte comme entrées des matrices de distance ou des alignements multiples de séquence. Les matrices doivent être au format PHYLIP. Les alignements doivent être au format Stockholm qui est le format natif d’alignement pour la base de données Pfam. Les alignements de formats différents peuvent être convertis au format Stockholm avec le programme sreformat qui fait partie du paquet HMMer (hmmer.org).

Les arbres sont écrits sur la sortie standard, au format Newick/New-Hampshire utilisé par PHYLIP et beaucoup d’autres programmes.

Autres paquets associés à quicktree

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• sug: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

  ou hmmer2

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

Télécharger quicktree

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	20,5 ko	56,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	19,2 ko	56,0 ko	[liste des fichiers]
armel	19,8 ko	56,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	17,5 ko	44,0 ko	[liste des fichiers]
i386	21,3 ko	60,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	21,1 ko	64,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	20,9 ko	62,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	23,3 ko	85,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	19,7 ko	60,0 ko	[liste des fichiers]