Paquet : r-bioc-fishpond (2.4.1+ds-1)

[ Paquet source : r-bioc-fishpond  ]

Differential transcript and gene expression with inferential replicates

Fishpond contains methods for differential transcript and gene expression analysis of RNA-seq data using inferential replicates for uncertainty of abundance quantification, as generated by Gibbs sampling or bootstrap sampling. Also the package contains utilities for working with Salmon and Alevin quantification files.

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• sug: r-bioc-tximportdata

  quantificateurs d’abondance de transcriptions diverses avec GNU R

• sug: r-cran-data.table

  GNU R extension of Data.frame

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-samr

  GNU R significance analysis of microarrays

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

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