Paquet : qcumber (2.3.0-2)

[ Paquet source : qcumber  ]

quality control of genomic sequences

QCPipeline is a tool for quality control. The workflow is as follows:

 1. Quality control with FastQC
 2. Trim Reads with Trimmomatic
 3. Quality control of trimmed reads with FastQC
 4. Map reads against reference using bowtie2
 5. Classify reads with Kraken

Autres paquets associés à qcumber

• dep: debconf (>= 0.5)

  Système de gestion de configuration Debian

  ou debconf-2.0

  paquet virtuel fourni par cdebconf, cdebconf-udeb, debconf

• dep: libjs-angularjs

  lets you write client-side web applications as if you had a smarter browser

• dep: libjs-bootstrap

  HTML, CSS and JS framework

• dep: libjs-d3

  JavaScript visualization library for HTML and SVG

• dep: libjs-jquery

  JavaScript library for dynamic web applications

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-jinja2

  small but fast and easy to use stand-alone template engine

• dep: python3-matplotlib

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab –⋅Python⋅3

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-savr

  analyse de fichiers SAV d’Illumina avec GNU R

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-quantreg

  GNU R package for quantile regression

• dep: snakemake

  pythonic workflow management system

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	49,3 ko	236,0 ko	[liste des fichiers]