Paquet : r-bioc-biomart (2.54.0+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-biomart  ]

interface de GNU R aux bases de données BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase et Gramene)

Depuis ces dernières années, une foule de données biologiques sont devenues disponibles dans des dépôts publics de données. Un accès aisé à ces ressources précieuses de données et une incorporation solide avec l’analyse des données est nécessaire pour une analyse intégrale des données de bioinformatique. biomaRt fournit une interface à une collection croissante de bases de données mettant en œuvre la suite logicielle BioMart (http://www.biomart.org). Ce paquet permet de récupérer de grandes quantités de données de manière uniforme sans avoir besoin de comprendre les schémas sous-jacents de base de données ou d’écrire des requêtes SQL complexes. Des exemples de bases de données BioMart sont Ensembl, COSMIC, Uniprot, HGNC, Gramene, Wormbase et dbSNP mappé à Ensembl. Ces bases de données majeures procurent aux utilisateurs de biomaRt un accès direct à divers ensembles de données et permettent une large variété de requêtes en ligne puissantes, de l’annotation de gène à l’exploration de données.

Autres paquets associés à r-bioc-biomart

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• dep: r-bioc-biocfilecache

  gestion par GNU R de fichiers entre les sessions

• dep: r-cran-digest

  GNU R package for 'hash digest' of R data structures

• dep: r-cran-httr

  GNU R tools for working with URLs and HTTP

• dep: r-cran-progress

  barres de progression pour terminaux pour GNU R

• dep: r-cran-rappdirs

  répertoires des applications de GNU R

• dep: r-cran-stringr

  Make it easier to work with strings

• dep: r-cran-xml (>= 3.99-0.7)

  paquet de GNU R pour la génération et analyse d’XML

• dep: r-cran-xml2

  analyseur XML pour GNU R

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-mockery

  mocking library for GNU R

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

• sug: r-cran-webmockr

  GNU R stubbing and setting expectations on 'HTTP' requests

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	431,8 ko	628,0 ko	[liste des fichiers]