Paquet : python3-pyfaidx (0.7.1-2)

[ Paquet source : python-pyfaidx  ]

efficient random access to fasta subsequences for Python 3

Samtools provides a function "faidx" (FAsta InDeX), which creates a small flat index file ".fai" allowing for fast random access to any subsequence in the indexed FASTA file, while loading a minimal amount of the file in to memory. This Python module implements pure Python classes for indexing, retrieval, and in-place modification of FASTA files using a samtools compatible index. The pyfaidx module is API compatible with the pygr seqdb module. A command-line script "faidx" is installed alongside the pyfaidx module, and facilitates complex manipulation of FASTA files without any programming knowledge.

This package provides the Python 3 modules to access fasta files.

Autres paquets associés à python3-pyfaidx

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-pkg-resources

  découverte de paquets et accès aux ressources avec pkg_resources

• dep: python3-six

  bibliothèque de compatibilité Python 2 et 3 – interface Python⋅3

• rec: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

Télécharger python3-pyfaidx

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	27,4 ko	121,0 ko	[liste des fichiers]