Paquet : python3-loompy (3.0.7+dfsg-2)

[ Paquet source : python-loompy  ]

access loom formatted files for bioinformatics

Loom is an efficient file format for very large omics datasets, consisting of a main matrix, optional additional layers, a variable number of row and column annotations. Loom also supports sparse graphs. Loom files are used to store single-cell gene expression data: the main matrix contains the actual expression values (one column per cell, one row per gene); row and column annotations contain metadata for genes and cells, such as Name, Chromosome, Position (for genes), and Strain, Sex, Age (for cells).

Loom files (.loom) are created in the HDF5 file format, which supports an internal collection of numerical multidimensional datasets. HDF5 is supported by many computer languages, including Java, MATLAB, Mathematica, Python, R, and Julia. .loom files are accessible from any language that supports HDF5.

Autres paquets associés à python3-loompy

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-click

  Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x

• dep: python3-h5py

  interface généraliste de Python pour hdf5

• dep: python3-numba

  native machine code compiler for Python 3

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: python3-numpy-groupies

  performs operations on/with subsets of n-dim arrays

• dep: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• dep: python3-pkg-resources

  découverte de paquets et accès aux ressources avec pkg_resources

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

Télécharger python3-loompy

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	39,8 ko	190,0 ko	[liste des fichiers]