Paketti: bedtools (2.31.1+dfsg-2 ja muut)

[ Source: bedtools  ]

suite of utilities for comparing genomic features

The BEDTools utilities allow one to address common genomics tasks such as finding feature overlaps and computing coverage. The utilities are largely based on four widely-used file formats: BED, GFF/GTF, VCF, and SAM/BAM. Using BEDTools, one can develop sophisticated pipelines that answer complicated research questions by streaming several BEDTools together.

The groupBy utility is distributed in the filo package.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Suite, Purpose: use::analysing, use::comparing, Data Conversion, use::filtering, works-with::biological-sequence

Muut pakettiin bedtools liittyvät paketit

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei arm64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  XZ-tiedostomuodon pakkauskirjasto

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi bedtools

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	2.31.1+dfsg-2	661.8 kt	2,106.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.31.1+dfsg-2+b1	586.6 kt	2,007.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	2.31.1+dfsg-2	547.2 kt	1,817.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	2.31.1+dfsg-2	564.5 kt	1,313.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	2.31.1+dfsg-2	727.9 kt	2,301.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.31.1+dfsg-2	582.9 kt	2,599.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.31.1+dfsg-2	664.1 kt	2,518.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.31.1+dfsg-2+b2	644.0 kt	1,603.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.31.1+dfsg-2	646.6 kt	2,162.0 kt	[tiedostoluettelo]