Paketti: tvc (5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-3 ja muut)

[ Source: tvc  ]

genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

Torrent Variant Caller (TVC) is a genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms, and is specially optimized to exploit the underlying flow signal information in the statistical model to evaluate variants. Torrent Variant Caller is designed to call single-nucleotide polymorphisms (SNPs), multi-nucleotide polymorphisms (MNPs), insertions, deletions, and block substitutions.

Muut pakettiin tvc liittyvät paketit

• dep: libarmadillo10 (>= 1:10.1.2+dfsg)

  streamlined C++ linear algebra library

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, mipsel, s390x]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: libjsoncpp24 (>= 1.9.4)

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

  determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ei armel, armhf]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi tvc

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-3+b2	1,050.4 kt	3,406.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-3+b2	979.3 kt	3,194.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-3+b2	940.0 kt	3,090.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-3+b2	958.2 kt	2,658.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-3+b2	1,082.4 kt	3,453.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-3+b2	994.0 kt	3,670.0 kt	[tiedostoluettelo]
mipsel	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-3+b2	993.5 kt	3,575.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-3+b2	1,056.5 kt	3,734.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-3+b2	978.2 kt	3,425.0 kt	[tiedostoluettelo]