Paketti: skesa (2.4.0-1)

[ Source: skesa  ]

strategic Kmer extension for scrupulous assemblies

SKESA is a DeBruijn graph-based de-novo assembler designed for assembling reads of microbial genomes sequenced using Illumina. Comparison with SPAdes and MegaHit shows that SKESA produces assemblies that have high sequence quality and contiguity, handles low-level contamination in reads, is fast, and produces an identical assembly for the same input when assembled multiple times with the same or different compute resources. SKESA has been used for assembling over 272,000 read sets in the Sequence Read Archive at NCBI and for real-time pathogen detection.

Muut pakettiin skesa liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libncbi-vdb2 (>= 2.10.6+dfsg)

  libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives

• dep: libstdc++6 (>= 7)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi skesa

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	688.1 kt	2,662.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	745.7 kt	3,100.0 kt	[tiedostoluettelo]