Paketti: bowtie2 (2.5.0-3 ja muut)

[ Source: bowtie2  ]

ultrafast memory-efficient short read aligner

is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes

Tagit: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, use::comparing, Works with: Biological Sequence

Muut pakettiin bowtie2 liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei amd64]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

• dep: libstdc++6 (>= 12)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• sug: bowtie2-examples

  Examples for bowtie2

Imuroi bowtie2

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	2.5.0-3+b2	1,376.2 kt	5,512.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.5.0-3+b2	1,264.2 kt	4,930.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.5.0-3+b2	1,376.2 kt	6,059.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.5.0-3+b2	1,427.4 kt	5,764.0 kt	[tiedostoluettelo]