Programa de alineación múltiple para aminoácidos o secuencias de nucleótidos
MAFFT es un programa de alineación de secuencias múltiples que ofrece tres
métodos orientados a la exactitud:
* L-INS-i (probablemente el mas exacto, recomendado para secuencias <200;
método de refinamiento iterativo incorporando información de pares
alineados locales),
* G-INS-i (apropiado para secuencias de longitud similar, recomendado para
secuancias <200; método de refinamiento iterativo incorporando información
de pares alineados globales),
* E-INS-i (apropiado para secuencias que contienen grandes regiones no
alineables; recomendado para secuencias <200),
y cinco métodos orientados a la rapidez:
* FFT-NS-i (método de refinamiento iterativo; solo dos ciclos),
* FFT-NS-i (método de refinamiento iterativo; máximo 1000 iteraciones),
* FFT-NS-2 (rápido; método progresivo),
* FFT-NS-1 (muy rápido, recomendado para secuencias >200; método
progresivo con un árbol guia aproximado),
* NW-NS-PartTree-1 (recomendado para ~50,000 secuencias; método progresivo
con el algoritmo PartTree).
