Package: exonerate (2.4.0-5 and others)

[ Source: exonerate  ]

Herramienta genérica para comparar secuencias de pares

Exonerate le permite alinear las secuencias usando muchos modelos de alineamiento, ya sea utilizando programación dinámica exhaustiva, o con una gran variedad de heurística. Gran parte de las funcionalidades de la suite de programación dinámica Wise se re-implementaron en C para una mayor eficiencia. Exonerate es un componente intrínseco de la construcción de las bases de datos del genoma de Ensembl, proporcionando coeficientes de similitud entre las secuencias del ANR y el ADN, permitiendo así determinar las uniones variables y las secuencias de la codificación en general.

Hay un sistema de simulación de experimentos «In-silico PCR» (consulte la página man ipcress) empaquetado con exonerate.

Este paquete también incluye una selección de utilidades para realizar manipulaciones sencillas y de forma rápida con archivos FASTA de más de 2Gb.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::TODO, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to exonerate

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteca de C de GNU: Bibliotecas compartidas
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3)

  biblioteca GLib de rutinas C

• sug: wise

  comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

• enh: bioperl-run

  BioPerl wrappers: scripts

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.4.0-5+b1	1,917.3 kB	9,639.0 kB	[list of files]