Alineación eficiente de secuencias de genomas completos
MUMer es un sistema para alineación rápida de genomas enteros, sea en forma
completa o en borrador. Por ejemplo, MUMer 3.0 puede conseguir los 20
pares base o el que concuerde exactamente con el mas largo entre un par de
5 megabases de genomas en 13.7 segundos, usando 78 MB de memoria, en una
máquina de escritorio a 2.4 GHz con Linux. MUMer puede también alinear
genomas incompletos; maneja los 100s o 1000s de «contigs» de un proyecto
de secuenciación «shotgun» con facilidad, y los alinea con otro conjunto
de «contigs», o un genoma, usando el programa NUCmer incluido en el
sistema. Si las especies son demasiado distintas para detectar similitudes
alineando la secuencia de ADN, entonces el programa PROmer puede generar
alineamientos basados en la translación de los seis marcos de ambas
secuencias de entrada.
