Reconstrucción de árboles filogenéticos por máximas probabilidades
TREE-PUZZLE (el nuevo nombre de PUZZLE) es un programa de consola
interactivo que implementa un algoritmo de búsqueda rápida en árbol,
dividiendo en cuartetos, que permite el análisis de grandes conjuntos de
datos y les asigna automáticamente estimaciones de soporte de cada rama
interna. TREE-PUZZLE también calcula las distancias de probabilidad máxima
por parejas así como las longitudes de las ramas para los árboles que
especifique el usuario.
Las longitudes de las ramas también se pueden calcular bajo el uso del
reloj. Además, TREE-PUZZLE ofrece un método nuevo, el mapeado de
probabilidad, para investigar el soporte de ramas internas hipotéticas sin
calcular todo el árbol y para ver el contenido filogenético de una
alineación de secuencia.
