Package: last-align (1179-1 and others)

[ Source: last-align  ]

comparación de secuencias biológicas de escala de genoma

LAST es un software para la comparación y el alineamiento de secuencias, generalmente ADN o secuencias de proteínas. LAST es similar a BLAST, pero trata mejor con cantidades muy grandes de secuencias de datos. Estas son dos cosas en las que LAST es bueno:

* Comparación de genomas grandes (ej. mamíferos). * Asignación de lotes de etiquetas de secuencia en un genoma.

La principal innovación técnica es que LAST encuentra coincidencias iniciales basadas en su multiplicidad en lugar de usar un tamaño fijo (p. ej. LAST usa 10-meros). Esto le permite asignar etiquetas a genomas sin repetir una máscara y sin verse inundado de resultados repetitivos. Para encontrar estas coincidencias de tamaño variable usa un arreglo de sufijos (inspirado en Vmatch). Con el objeto de lograr una alta sensibilidad usa un arreglo de sufijos no contiguos, de manera análoga al espaciado de semillas.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Other Packages Related to last-align

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteca de C de GNU: Bibliotecas compartidas
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteca de ayuda de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  biblioteca estándar de C++ de GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteca de compresión, ejecutables

• rec: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• rec: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: python3-pil

  Python Imaging Library (Python3)

Download last-align

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
ppc64el	1179-1+b1	843.7 kB	4,850.0 kB	[list of files]