Package: clonalframe (1.2-11 and others)

[ Source: clonalframe  ]

inferencia de microevolución bacteriana usando datos multilocus de secuencias

ClonalFrame identifica las relaciones clonales entre los miembros de una muestra, al mismo tiempo que estima la posición cromosómica de la recombinación homóloga de eventos que han interrumpido la herencia clónica.

ClonalFrame puede aplicarse a cualquier tipo de datos de secuencia, desde un solo fragmento de ADN a los genomas enteros. Es muy adecuado para el análisis de datos MLST, donde 7 fragmentos genómicos han sido secuenciados, pero se vuelve progresivamente más potente cuando las regiones secuenciadas aumentan en longitud y número hasta genomas completos. Sin embargo, requiere que las secuencias estén alineadas. Si tiene información genómica que no está alineada, se recomienda usar Mauve, el cual produce un alineamiento de todos los genomas bacterianos en el formato exacto requerido para el análisis con ClonalFrame.

Tags: Implemented in: C++, Role: Program

Other Packages Related to clonalframe

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteca de C de GNU: Bibliotecas compartidas
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteca de ayuda de GCC

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  biblioteca estándar de C++ de GNU v3

• sug: clonalframeml

  Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

Download clonalframe

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
s390x	1.2-11+b2	48.8 kB	140.0 kB	[list of files]