Package: mummer (3.23+dfsg-8)

[ Source: mummer  ]

Alineación eficiente de secuencias de genomas completos

MUMer es un sistema para alineación rápida de genomas enteros, sea en forma completa o en borrador. Por ejemplo, MUMer 3.0 puede conseguir los 20 pares base o el que concuerde exactamente con el mas largo entre un par de 5 megabases de genomas en 13.7 segundos, usando 78 MB de memoria, en una máquina de escritorio a 2.4 GHz con Linux. MUMer puede también alinear genomas incompletos; maneja los 100s o 1000s de «contigs» de un proyecto de secuenciación «shotgun» con facilidad, y los alinea con otro conjunto de «contigs», o un genoma, usando el programa NUCmer incluido en el sistema. Si las especies son demasiado distintas para detectar similitudes alineando la secuencia de ADN, entonces el programa PROmer puede generar alineamientos basados en la translación de los seis marcos de ambas secuencias de entrada.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

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