Paket: sigma-align (1.1.3-9 und andere)

[ Quellcode: sigma-align  ]

Einfache multiple Alignments nicht-kodierender DNA-Sequenzen

Sigma (»Simple greedy multiple alignment«) ist ein Alignment-Programm. Der Algorithmus und das Scoring-Schema sind speziell für nicht-kodierende DNA-Sequenzen entworfen.

Das Programm verwendet die Strategie des Suchens der bestmöglichen lückenlosen lokalen Alignments. Dies passiert bei jedem Schritt indem ein bestmögliches Alignment passend zu existierenden Alignments ermittelt wird. Sigma bewertet die Signifikanz der Alignments basierend auf den Längen der alignierten Fragmente und eines Hintergrundmodells. Diese können über eine Hilfsdatei intergenischer DNA zur Verfügung gestellt oder geschätzt werden.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::analysing, use::comparing, Unterstützt Formate: Reiner Text, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

Andere Pakete mit Bezug zu sigma-align

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.12.0)

  GLib - Bibliothek von C-Routinen

sigma-align herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.1.3-9	23,0 kB	61,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.1.3-9+b1	22,4 kB	90,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.1.3-9	22,1 kB	56,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.1.3-9	20,2 kB	48,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.1.3-9	23,7 kB	60,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.1.3-9	23,0 kB	91,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.1.3-9	26,2 kB	89,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.1.3-9	23,3 kB	53,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.1.3-9	24,0 kB	65,0 kB	[Liste der Dateien]