Paket: sigma-align (1.1.3-9)

[ Quellcode: sigma-align  ]

Einfache multiple Alignments nicht-kodierender DNA-Sequenzen

Sigma (»Simple greedy multiple alignment«) ist ein Alignment-Programm. Der Algorithmus und das Scoring-Schema sind speziell für nicht-kodierende DNA-Sequenzen entworfen.

Das Programm verwendet die Strategie des Suchens der bestmöglichen lückenlosen lokalen Alignments. Dies passiert bei jedem Schritt indem ein bestmögliches Alignment passend zu existierenden Alignments ermittelt wird. Sigma bewertet die Signifikanz der Alignments basierend auf den Längen der alignierten Fragmente und eines Hintergrundmodells. Diese können über eine Hilfsdatei intergenischer DNA zur Verfügung gestellt oder geschätzt werden.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::analysing, use::comparing, Unterstützt Formate: Reiner Text, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

Andere Pakete mit Bezug zu sigma-align

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.12.0)

  GLib - Bibliothek von C-Routinen

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	23,0 kB	89,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	23,0 kB	61,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	22,1 kB	89,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	22,1 kB	56,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	20,2 kB	48,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	22,6 kB	57,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	23,7 kB	60,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	28,3 kB	86,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	20,1 kB	56,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	23,0 kB	91,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	25,8 kB	89,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	26,2 kB	89,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	23,3 kB	53,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	24,0 kB	65,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	23,8 kB	88,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	21,2 kB	1.050,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	22,9 kB	56,0 kB	[Liste der Dateien]