Paket: seqan-raptor (3.0.1+ds-9)

[ Quellcode: seqan-raptor  ]

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Raptor is a system for approximately searching many queries such as next-generation sequencing reads or transcripts in large collections of nucleotide sequences. Raptor uses winnowing minimizers to define a set of representative k-mers, an extension of the interleaved Bloom filters (IBFs) as a set membership data structure and probabilistic thresholding for minimizers. This approach allows compression and partitioning of the IBF to enable the effective use of secondary memory.

Andere Pakete mit Bezug zu seqan-raptor

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  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [mips64el, riscv64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

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• dep: libstdc++6 (>= 14)

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• dep: libyaml-cpp0.8 (>= 0.7.0)

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  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: cwl-runner

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch cwltool, toil

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	679,0 kB	2.216,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	576,8 kB	2.040,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	550,2 kB	2.448,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	656,0 kB	2.424,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	653,2 kB	1.616,0 kB	[Liste der Dateien]