Paket: bowtie2 (2.5.4-1)

[ Quellcode: bowtie2  ]

Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

Bowtie 2 ist ein ultraschnelles und speichersparendes Werkzeug für Alignment zwischen kurzen DNA-Sequenzen (Reads) zu langen Referenzsequenzen. Es ist besonders gut beim Ausrichten von Reads von etwa 50 bis Hunderte oder Tausende Zeichen und besonders gut beim Ausrichten an relativ großen Genomen (z.B. von Säugetieren).

Bowtie 2 indiziert das Genom mit einem FM-Index, um den Speicherbedarf gering zu halten; für das menschliche Genom beträgt der Speicherbedarf etwa 3,2 GB. Bowtie 2 unterstützt Modi für Gaps sowie lokale und »Paired-End«-Alignments.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, use::comparing, Arbeitet mit: Biologische Sequenz

Andere Pakete mit Bezug zu bowtie2

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: bowtie2-examples

  Examples for bowtie2

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
mips64el	1.416,5 kB	6.185,0 kB	[Liste der Dateien]