Paket: maq (0.7.1-10)

[ Quellcode: maq  ]

Kartiert kurze polymorphe DNA-Sequenzen mit fester Länge auf Referenzsequenzen

Maq (kurz für Mapping and Assembly with Quality) erstellt kartierende Anordnungen von kurzen DNA-Sequenzen, wie sie von Sequenziergeräten der nächsten Generation erzeugt werden. Das Programm wurde speziell für den Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer entwickelt und hat eine erste Implementierung für den Umgang mit mit ABI-SOLiD-Daten. Maq war zuvor bekannt als mapass2.

Die Entwicklung von Maq wurde im Jahr 2008 eingestellt. Seine Nachfolger sind BWA und SAMtools.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, scope::utility, Zweck: Benötige eine zusätzliche Markierung, Analyse, use::comparing, use::searching, Unterstützt Formate: Benötige eine zusätzliche Markierung, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Andere Pakete mit Bezug zu maq

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [nicht amd64, armel, armhf, s390x]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

maq herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	295,1 kB	545,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	287,3 kB	581,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	284,3 kB	524,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	286,4 kB	472,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	305,4 kB	581,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	296,6 kB	588,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	303,5 kB	645,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	296,8 kB	493,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	299,0 kB	557,0 kB	[Liste der Dateien]