Paket: qcumber (2.3.0-2)

[ Quellcode: qcumber  ]

quality control of genomic sequences

QCPipeline is a tool for quality control. The workflow is as follows:

 1. Quality control with FastQC
 2. Trim Reads with Trimmomatic
 3. Quality control of trimmed reads with FastQC
 4. Map reads against reference using bowtie2
 5. Classify reads with Kraken

Andere Pakete mit Bezug zu qcumber

• dep: debconf (>= 0.5)

  Debians Konfiguration-Verwaltungssystem

  oder debconf-2.0

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch cdebconf, cdebconf-udeb, debconf

• dep: libjs-angularjs

  lets you write client-side web applications as if you had a smarter browser

• dep: libjs-bootstrap

  HTML-, CSS- und JavaScript-Rahmenwerk

• dep: libjs-d3

  JavaScript-Visualisierungsbibliothek für HTML und SVG

• dep: libjs-jquery

  JavaScript-Bibliothek für dynamische Webanwendungen

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik

• dep: python3-jinja2

  Eigenständiges, kleines, aber schnelles und einfach bedienbares Vorlagenprogramm

• dep: python3-matplotlib

  Python-System ähnlich Matlab zur Ausgabe von Zeichnungen

• dep: r-base-core

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

• dep: r-bioc-savr

  GNU R parse and analyze Illumina SAV files

• dep: r-cran-ggplot2

  Implementierung der »Grammar of Graphics«

• dep: r-cran-quantreg

  GNU R package for quantile regression

• dep: snakemake

  pythonic workflow management system

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