Paket: boxshade (3.3.1-14) [debports]

[ Quellcode:  ]

Pretty-printing von multiplen Sequenzalignments

Boxshade erstellt gut aussehende Darstellungen von Alignments von Protein- oder DNA-Sequenzen. Das Programm alignt die Sequenzen nicht selbst, sondern benötigt als Eingabe eine Datei, die automatisch von einem Programm für Multiple Alignments oder manuell mit einem Alignment-Editor erstellt wurde.

Boxshade liest Alignments in den Formaten PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED-data und ESEE-save (bis zu 150 Sequenzen von maximal je 10000 Elementen). Verschiedene Regeln für die Schattierung und Färbung werden angeboten, um biochemische Ähnlichkeiten der Seitenketten in den Spalten zu reflektieren. Die Ausgabe erfolgt auf den Bildschirm oder in eine Datei. Angeboten werden die Formate ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT und HTML.

Andere Pakete mit Bezug zu boxshade

• dep: libc6 (>= 2.7)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• sug: kalign

  Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

  oder clustalw

  Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen

  oder mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

  oder hmmer

  Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• sug: texlive-latex-extra

  TeX Live: LaTeX additional packages

• sug: xfig

  Vektororientiertes Zeichenprogramm für X11

boxshade herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
sparc64 (inoffizielle Portierung)	50,4 kB	170,0 kB	[Liste der Dateien]