Paket: python3-freecontact (1.1-9 und andere)

[ Quellcode: python-freecontact  ]

fast protein contact predictor - binding for Python3

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Python3 binding.

Andere Pakete mit Bezug zu python3-freecontact

• dep: libboost-python1.83.0 (>= 1.83.0)

  Die Bibliothek Boost.Python

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  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libboost-python1.83.0

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  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libboost-python1.83.0

• dep: libboost-python1.83.0-py313 [nicht alpha, ia64]

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libboost-python1.83.0

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  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

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  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

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  GCC Support-Bibliothek

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  GCC Support-Bibliothek

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  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: python3 (<< 3.13) [alpha, ia64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.14) [nicht alpha, ia64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.12~) [alpha]

  dep: python3 (>= 3.13~) [nicht alpha, ia64]

python3-freecontact herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.1-6+b8	70,5 kB	277,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.1-9+b1	75,1 kB	267,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.1-9+b1	72,9 kB	275,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.1-9+b1	71,1 kB	274,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.1-9+b1	72,0 kB	274,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.1-9+b1	76,3 kB	273,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.1-9+b1	77,0 kB	266,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.1-6+b7	95,0 kB	517,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	1.1-9+b1	73,9 kB	275,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.1-9+b1	73,3 kB	250,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.1-9+b1	73,3 kB	281,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.1-9+b1	75,4 kB	339,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.1-9+b1	75,6 kB	339,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.1-9+b1	74,2 kB	247,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.1-9+b1	74,3 kB	263,0 kB	[Liste der Dateien]
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x32 (inoffizielle Portierung)	1.1-9+b1	75,6 kB	262,0 kB	[Liste der Dateien]