Paket: hinge (0.5.0-7 und andere)

[ Quellcode: hinge  ]

long read genome assembler based on hinging

HINGE is a genome assembler that seeks to achieve optimal repeat resolution by distinguishing repeats that can be resolved given the data from those that cannot. This is accomplished by adding “hinges” to reads for constructing an overlap graph where only unresolvable repeats are merged. As a result, HINGE combines the error resilience of overlap-based assemblers with repeat-resolution capabilities of de Bruijn graph assemblers.

Andere Pakete mit Bezug zu hinge

• dep: daligner

  local alignment discovery between long nucleotide sequencing reads

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libfmt9 (>= 9.0.0+ds1)

  Schnelle, typsichere C++-Formatierungsbibliothek -- Bibliothek

• dep: libgcc-s1 (>= 7)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-colormap

  ease manipulation of matplotlib colormaps and color codecs (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  Python-System ähnlich Matlab zur Ausgabe von Zeichnungen

• dep: python3-networkx

  Werkzeug zum Erstellen, Manipulieren und Studieren komplexer Netzwerke (Python 3)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pbcore

  Python 3 library for processing PacBio data files

• dep: python3-ujson

  ultra fast JSON encoder and decoder for Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
i386	0.5.0-7+b1	494,7 kB	3.511,0 kB	[Liste der Dateien]