Paket: abyss (2.3.10-1)

[ Quellcode: abyss  ]

Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«

ABySS ist ein paralleler De-novo-Sequenzassembler, der für short reads ausgelegt ist. Er kann verwendet werden, um Genom- oder Transkriptomsequenzdaten zusammenzustellen. Die Parallelisierung erfolgt über MPI, OpenMP und pthread.

Markierungen: Feld: Biologie, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu abyss

• dep: bsdextrautils

  Zusätzliche Dienstprogramme von 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libopenmpi3t64 (>= 5.0.5)

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Laufzeit-Bibliothek für SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: make

  Werkzeug zur Steuerung der Kompilierung

• dep: openmpi-bin

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien

• dep: openmpi-common

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - gemeinsame Dateien

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

abyss herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
arm64	3.000,2 kB	10.616,0 kB	[Liste der Dateien]