Paket: abyss (2.1.5-7)

[ Quellcode: abyss  ]

Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«

ABySS ist ein paralleler De-novo-Sequenzassembler, der für short reads ausgelegt ist. Er kann verwendet werden, um Genom- oder Transkriptomsequenzdaten zusammenzustellen. Die Parallelisierung erfolgt über MPI, OpenMP und pthread.

Markierungen: Feld: Biologie, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu abyss

• dep: bsdmainutils

  Sammlung weiterer FreeBSD-Hilfsprogramme

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libopenmpi3

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Laufzeit-Bibliothek für SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: make

  Werkzeug zur Steuerung der Kompilierung

• dep: openmpi-bin

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien

• dep: openmpi-common

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - gemeinsame Dateien

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

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