Paket: barrnap (0.9+dfsg-4)

[ Quellcode: barrnap  ]

rapid ribosomal RNA prediction

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) predicts the location of ribosomal RNA genes in genomes. It supports bacteria (5S,23S,16S), archaea (5S,5.8S,23S,16S), mitochondria (12S,16S) and eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S).

It takes FASTA DNA sequence as input, and writes GFF3 as output. It uses the NHMMER tool that comes with HMMER 3.1 for HMM searching in RNA:DNA style. Multithreading is supported and one can expect roughly linear speed-ups with more CPUs.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::perl, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: use::searching, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu barrnap

• dep: bedtools

  Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale

• dep: hmmer

  Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

barrnap herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
all	513,6 kB	3.170,0 kB	[Liste der Dateien]