Paket: samtools (1.21-0+exp1)

[ Quellcode: samtools  ]

Experimentelles Paket

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processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Vernetzung: Client, Netzwerk-Protokoll: FTP, protocol::http, role::program, Zweck: Hilfswerkzeug, GUI-Baukasten: Ncurses TUI, Zweck: use::analysing, use::calculating, Filtern, Arbeitet mit: Biologische Sequenz

Andere Pakete mit Bezug zu samtools

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libhts3t64 (>= 1.21)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Laufzeitbibliotheken zur Terminalsteuerung

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  Systemnahe terminfo-Laufzeitbibliothek für die Terminalsteuerung

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: cwltool

  Referenzimplemantation der Common Workflow Language

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
i386	683,2 kB	1.572,0 kB	[Liste der Dateien]