Paket: libhts-dev (1.21+ds-0+exp2) [debports]

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Experimentelles Paket

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C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate - Entwicklungsdateien

HTSlib ist eine Implementierung einer vereinheitlichten C-Bibliothek für den Zugriff auf gängige Dateiformate, wie SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM und VCF (Variant Call Format), die für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten verwendet werden, und ist die von samtools und bcftools verwendete Kernbibliothek. HTSlib hängt nur von zlib ab. Es ist bekannt, dass sie mit gcc, g++ und clang kompatibel ist.

HTSlib implementiert einen verallgemeinerten BAM-Index (binary SAM) mit der Dateierweiterung »csi« (coordinate-sorted index). Der HTSlib-Dateileser sucht zuerst nach dem neuen Index und dann nach dem alten, wenn der neue Index nicht vorhanden ist.

Dieses Paket enthält Entwicklungsdateien für die HTSlib: Header, statische Bibliothek, Handbuchseiten, etc.

Aus Gründen der Kompatibilität mit sambamba wurde die interne Routine cram_to_bam exportiert, wobei ein in guix gefundener Patch übernommen wurde.

Andere Pakete mit Bezug zu libhts-dev

• dep: libbz2-dev

  Bibliothek für hochwertigen, Blöcke sortierenden Dateikomprimierer - Entwicklung

• dep: libcurl4-gnutls-dev

  Entwicklungsdateien und Dokumentation für libcurl (GnuTLS-Variante)

• dep: libdeflate-dev

  Schnelle DEFLATE-basierte Komprimierung und Dekomprimierung im gesamten Puffer - Header

• dep: libhts3t64 (= 1.21+ds-0+exp2)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: liblzma-dev

  Bibliothek für das XZ-Kompressionsformat - Entwicklungsdateien

• dep: zlib1g-dev

  Kompressionsbibliothek - Entwicklung

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
hppa (inoffizielle Portierung)	1.763,7 kB	5.581,0 kB	[Liste der Dateien]