Paket: python3-pairtools (0.3.0-2 und andere)

[ Quellcode: pairtools  ]

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Andere Pakete mit Bezug zu python3-pairtools

• dep: cython3

  C-Erweiterungen für Python 3

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: python3

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

• dep: python3-click

  Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x

• dep: python3-nose

  test discovery and running for Python3 unittest

• dep: python3-numpy

  Schnelle Array-Einrichtung für die Sprache Python 3

python3-pairtools herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
ppc64el	0.3.0-2+b2	120,3 kB	479,0 kB	[Liste der Dateien]