Paket: mummer (3.23+dfsg-7)

[ Quellcode: mummer  ]

Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome

MUMmer ist eine Umgebung für ein schnelles Alignment ganzer Genome, ob in endgültiger Form oder als noch unvollständiges Assembly. MUMmer 3.0 etwa findet alle exakten Übereinstimmungen von einer Länge von wenigstens 20 Basenpaaren zwischen einem Paar von 5 Megabyte Genomen in 13,7 Sekunden, mit einem Speicherbedarf von 78 MB auf einem 2,4GHz Linux Desktop-Computer. MUMmer kann auch unvollständige Genome alignen, es kann mit hunderten oder tausenden von sequenzierten Bereichen leicht umgehen, wie sie im Shotgun-Sequencing-Verfahren anfallen. Über das mitgelieferte Programm NUCmer sind Vergleiche zwischen zwei solcher Mengen von Sequenzen unterstützt. Sind die Spezies zu divergierend, dann kann das Programm PROCmer Alignments bestimmen, die auf den six-frame-Translationen beider Input-Sequenzen basieren.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, works-with-format::TODO, Unterstützt Formate: Reiner Text, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

Andere Pakete mit Bezug zu mummer

• dep: gawk

  GNU awk, eine Mustererkennungs- und Verarbeitungssprache

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
arm64	625,1 kB	3.153,0 kB	[Liste der Dateien]