Paket: mafft (7.475-1)

[ Quellcode: mafft  ]

Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

MAFFT ist ein Programm für multiples Alignment, das drei auf Genauigkeit ausgerichtete Methoden bietet:

 * L-INS-i (wahrscheinlich am genauesten; empfohlen für < 200 Sequenzen;
   iterative Verfeinerung unter Verwendung lokaler paarweiser Alignments),
 * G-INS-i (geeignet für Sequenzen ähnlicher Längen; empfohlen für < 200
   Sequenzen; iterative Verfeinerung unter Verwendung globaler paarweiser
   Alignments),
 * E-INS-i (geeignet für Sequenzen mit großen, nicht abgleichbaren
   Regionen; empfohlen für < 200 Sequenzen).

Auch fünf geschwindigkeitsoptimierte Methoden sind enthalten:

  * FFT-NS-i (iterative Verfeinerung,nur zwei Zyklen),
  * FFT-NS-i (iterative Verfeinerung, max. 1000 Iterationen),
  * FFT-NS-2 (schnelle, progressive Methode),
  * FFT-NS-1 (sehr schnell; empfohlen für > 2000 Sequenzen; progressive
    Methode mit einem groben Führungsbaum),
  * NW-NS-PartTree-1 (empfohlen für ~ 50.000 Sequenzen; progressive
    Methode unter Verwendung des PartTree-Algorithmus).

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Proteine, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, works-with-format::plaintext, Arbeitet mit: Biologische Sequenz

Andere Pakete mit Bezug zu mafft

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• rec: blast2

  Paket nicht verfügbar

• rec: libwww-perl

  Einfache und konsistente Schnittstelle zum World Wide Web

• rec: lynx

  Klassischer Textmodus-Webbrowser (nicht graphisch)

• rec: ruby

  Interpreter für die objektorientierte Skriptsprache Ruby (Standardversion)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.026,2 kB	11.507,0 kB	[Liste der Dateien]