Paket: megadepth (1.2.0-4)

[ Quellcode: megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Andere Pakete mit Bezug zu megadepth

• dep: libbigwig0 (>= 0.4.6+dfsg)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
armel	68,7 kB	273,0 kB	[Liste der Dateien]