Package: baitfisher (1.2.7+git20211020.de26d5c+dfsg-2)

[ Source: baitfisher  ]

Programpakke til design af hybride berigelsessonder

Pakken BaitFisher består af to programmer: BaitFisher og BaitFilter.

BaitFisher blev designet til at konstruere hybride berigelsesbait'er fra flere sekvenssammenligninger (MSA'er) eller annoterede funktioner i MSA'er. Hovedformålet med BaitFisher er at undgå redundans i konstruktionen af bait'er ved at designe få bait'er i reserverede regioner af MSA'erne og designe flere bait'er i variable regioner. Dette gør brug af det faktum. at hybride berigelsesbait'er er forskellige i mindre omfang fra målregionen, som de skal fange i berigelsesproceduren. Ved at specificere den tilladt afstand mellem bait'er og sekvenserne i MSA'erne kan brugeren kontrollere den tilladte bait til bait-afstand og graden af reduktion i antallet af bait'er som bliver designet. Se pakken BaitFisher for detaljer.

BaitFisher blev designet (i) til at bestemme om bait'er binder uden specifikation til et referencegenom (ii) til at filtrere bait'er som kun har delvis længdematch til et referencegenom, (iii) til at bestemme den optimale baitregion i en MSA og til at konvertere bait'er til et format som kan overføres til et bait-konstruktionsfirma. Den optimale bait-region kan være den mest reserverede region i MSA'en eller regionen med det højeste antal af sekvenser uden hul eller tvetydige nukleotider.

Other Packages Related to baitfisher

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

Download baitfisher

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
s390x	210.4 kB	682.0 kB	[list of files]