Package: r-bioc-genomicranges (1.56.1+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-genomicranges  ]

BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

Mulighed for effektivt at lagre genomannotationer og sammenligninger spiller en central rolle, når det kommer til at analysere sekventeringsdata med høj gennemløb (a.k.a. NGS-data). Pakken definerer almene containere til at lagre genomintervaller samt mere specialiserede containere til at lagre sammenligninger mod et referencegenom.

Other Packages Related to r-bioc-genomicranges

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0)

  BioConductor-repræsentation og manipulering af eksterne sekvenser

• sug: r-bioc-annotate (>= 1.82.0)

  BioConductor-annotation for microarray'er

• sug: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)

  GNU R Annotation Database-grænseflade for BioConductor

• sug: r-bioc-annotationhub (>= 3.12.0)

  GNU R-klient til at tilgå AnnotationHub-ressourcer

• sug: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• sug: r-bioc-bsgenome (>= 1.72.0)

  BioConductor-infrastruktur for Biostrings-baserede arvemassepakker

• sug: r-bioc-deseq2 (>= 1.44.0)

  R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse

• sug: r-bioc-dexseq (>= 1.50.0)

  GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq

• sug: r-bioc-edger (>= 4.2.0)

  Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R

• sug: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

  Bioconductor-repræsentation og manipulering af korte arvemassesammenligninger

• sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• sug: r-bioc-gviz (>= 1.48.0)

  Plot data og annotationsinformation langs genomiske koordinater

• sug: r-bioc-keggrest (>= 1.44.1)

  GNU R-REST-adgang på klientsiden til KEGG

• sug: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

  GNU R-binær sammenligning (BAM), variantkald (BCF) eller tabix-filimport

• sug: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• sug: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor - assay-container

• sug: r-bioc-variantannotation (>= 1.50.0)

  BioConductor-annotation af genetiske varianter

• sug: r-cran-digest

  GNU R package for 'hash digest' of R data structures

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-matrix

  GNU R-pakke til klasser for tætte matricer og matricer med få udfald

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-runit

  GNU R-pakke der tilbyder en ramme for enhedstest

Download r-bioc-genomicranges

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
ppc64el	1,799.0 kB	2,820.0 kB	[list of files]