Package: ruby-crb-blast (0.6.9-5)

[ Source: ruby-crb-blast  ]

Kør betinget gensidig bedste BLAST

CRB-BLAST er en ny metode til at finde orthologer mellem et sæt af sekvenser og et andet. Dette er specielt nyttigt i genom og transkriptom-annotering.

CRB-BLAST udfører først en standard gensidig bedste BLAST. Det gøres ved at udføre BLAST-sammenligninger af forespørgsel->mål og mål->forespørgsel. Gensidig bedste BLAST-træffere er dem hvor det bedste match for enhver given forespørgselssekvens i forespørgsel->mål-sammenligninger også er det bedste træf for matchningen i omvendt (mål->forespørgsel) sammenligning.

Gensidig bedste BLAST er en meget konservativ måde at tilde orthologer. Hovedopfindelsen i CRB-BLAST er at lære en passende e-værdi-udskæring til anvendelse på hver parvis sammenligning ved at bruge det generelle slægtskab for de to datasæt under sammenligning. Dette gøres ved at tilpasse en funktion til distributionen af e-værdier for sammenligningen over sekvenslængder. Funktionen tilbyder en e-værdi-udskæring for en sekvens med en given længde.

Other Packages Related to ruby-crb-blast

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: ruby

  Fortolker af det objektorienterede skriptsprog Ruby - standardversion

• dep: ruby-bio (>= 2.0)

  Ruby-værktøjer til beregningsmolekylær biologi

• dep: ruby-fixwhich (>= 1.0.2)

  ruby module that emulates the 'which' program

• dep: ruby-threach (>= 0.2.0)

  Trådet each

• dep: ruby-trollop (>= 2.0)

  Bibliotek for parameterbehandling på kommandolinjen

Download ruby-crb-blast

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	11.8 kB	52.0 kB	[list of files]