Package: r-bioc-gsva (1.52.3+ds-1)

[ Source: r-bioc-gsva  ]

Gene Set Variation Analysis for microarray og RNA-seq-data

Gene Set Variation Analysis (GSVA) er en uden parametre, ikke overvåget metode til at estimere variation for gensætberigelse via prøverne i et udtryksdatasæt. GSVA udfører en ændring i koordinatsystemer, transformerer dataene fra et gen via prøvematrix til et gensæt efter prøvematrix, der dermed tillader evalueringen af pathway-berigelse for hver prøve. Denne nye matrix med GSVA-berigelsesbedømmelser faciliterer anvendelse af analytiske metoder såsom funktionel berigelse, overlevelsesanalyse, klyngeopbygning, CNV-pathway-analyse eller cross-tissue pathway-analyse, på en pathway-centrisk måde.

Other Packages Related to r-bioc-gsva

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.38.0)

  BioConductor - faciliteter for parallel evulering

• dep: r-bioc-biocsingular (>= 1.20.0)

  Singular Value Decomposition for Bioconductor Packages

• dep: r-bioc-delayedarray (>= 0.30.1)

  BioConductor delayed operations on array-like objects

• dep: r-bioc-delayedmatrixstats (>= 1.26.0)

  Functions on Rows and Columns of 'DelayedMatrix' Objects

• dep: r-bioc-gseabase (>= 1.66.0)

  Gene Set Enrichment Analysis - datastrukturer og metoder

• dep: r-bioc-hdf5array (>= 1.32.0)

  HDF5 backend for DelayedArray objects

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-singlecellexperiment (>= 1.26.0)

  S4 Classes for Single Cell Data

• dep: r-bioc-sparsematrixstats (>= 1.16.0)

  Bioconductor - resumestatistik for rækker og kolonner for rumlige tabeller

• dep: r-bioc-spatialexperiment (>= 1.14.0)

  S4 Class for Spatially Resolved -omics Data

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor - assay-container

• dep: r-cran-matrix (>= 1.5-0)

  GNU R-pakke til klasser for tætte matricer og matricer med få udfald

• sug: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-edger (>= 4.2.0)

  Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R

• sug: r-bioc-genefilter (>= 1.86.0)

  Metoder for filtrering af gener fra microarray-eksperimenter

• sug: r-bioc-gsvadata (>= 1.40.0)

  Data employed in the vignette of the GSVA package

• sug: r-bioc-limma (>= 3.60.3)

  Lineære modeller for microarray-data

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db (>= 3.19.1-1)

  Genom-bred annotation for mennesker

• sug: r-cran-data.table

  GNU R-udvidelse af Data.frame

• sug: r-cran-future

  R-pakke - en fremtidig API for R

• sug: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-plotly

  Opret interaktiv internetgrafik via »plotly.js« i GNU R

• sug: r-cran-promises

  GNU R abstractions for promise-based asynchronous programming

• sug: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R-pakke der tilbyder egnede farvepaletter

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-runit

  GNU R-pakke der tilbyder en ramme for enhedstest

• sug: r-cran-shiny

  GNU R-internetprogramramme

• sug: r-cran-shinydashboard

  GNU R-opret instrumentbræt med »Shiny«

• sug: r-cran-shinyjs

  Forbedr nemt brugeroplevelsen for dine Shiny-programmer på sekunder

Download r-bioc-gsva

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	1,088.2 kB	1,366.0 kB	[list of files]