Package: mptp (0.2.5-1)

[ Source: mptp  ]

Enkeltsteds artsafgrænsning

Implementering af en hurtig artsafgrænsningsmetode, baseret på PTP (Zhang et al. 2013) med et 64-bit flertrådet design, der håndterer meget store datasæt.

Værktøjet mPTP kan håndtere meget store biodiversitetsdatasæt. Det gennemfører en hurtig metode til at beregne ML-afgrænsningen fra et udledt fylogenetisk træ af prøverne. Ved hjælp af MCMC beregner værktøjet også støtteværdier for hver »clade«, der kan bruges til at vurdere tillid til ML-afgrænsningen.

ML-afgrænsningen mPTP implementerer to varianter af punktestimatløsningen. For det første implementerer den den originale metode fra (Zhang et al. 2013), hvor alle processer inden for arter er modelleret med en enkelt eksponentiel fordeling. mPTP bruger en dynamisk programmeringsimplementering der estimerer ML-afgrænsningen hurtigere og mere præcist end den original PTP. Den dynamiske programmeringsimplementering har lignende egenskaber som (Gulek et al. 2010). Se wikien for yderligere information. Den anden metode antager en distinkt eksponentiel fordeling for forgreningsbegivenheder for hver af de afgrænsede arter, der gør det muligt for metoden at passe til et bredere udvalg af empiriske datasæt.

MCMC-metoden mPTP genererer støtteværdier for hver »clade«. De repræsenterer forholdet mellem antallet af prøver, for hvilket en bestemt knude var i mellem-art processen, til det samlede antal prøver.

Other Packages Related to mptp

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• rec: bash-completion

  Programmerbar færdiggørelse for bashskallen

Download mptp

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	82.6 kB	369.0 kB	[list of files]