all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: jellyfish1  ]

Package: jellyfish1 (1.1.11-9)

Links for jellyfish1

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package jellyfish1:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Tæl k-mers i DNA-sekvenser

JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.

JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.

Dette er den seneste version af 1.x-serien af jellyfish, som bruges af nogle andre programmer, som ikke er kompatible med version 2.x, som tilbydes i pakken jellyfish.

Other Packages Related to jellyfish1

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download jellyfish1

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
mips64el 114.6 kB774.0 kB [list of files]