Package: crac (2.5.2+dfsg-6 and others)

[ Source: crac  ]

Integreret RNA-Seq-læsanalyse

CRAC er et værktøj til at analysere High Throughput Sequencing-data (HTS) sammenlignet med et referencegenom. Er lavet for transkriptomisk og genomisk sekvenslæsninger. Mere præcist, med transkriptomiske læsninger som inddata, så forudsiges punktmutationer, indel'er, delingspunkt og chimerisk RNA'er (dvs. ikke kolinære delingspunkter). CRAC kan også vise positioner og natur for sekvensfejl som detekteres i læsningerne. CRAC bruger et genomindeks. Dette indeks skal beregnes før kørsel af læseanalysen. Til dette formål bruges kommandoen »crac-index« på dine genmofiler. Du kan så behandle læsningerne via kommandoen crac. Se manualsiden for CRAC (hjælpefilen) ved at taste »man crac«. CRAC kræver en stor mængde hukommelse på din computer. For behandling mod menneskegenomer, f.eks. for 50 millioner læsninger med 100 nukleotider hver kræver CRAC omkring 40 gigabyte hovedhukommelse. Kontroller, om systemet for din beregningsserver er udstyret med tilstrækkelig mængde hukommelsen, før start af en analyse.

Other Packages Related to crac

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgkarrays1t64 (>= 2.1.0+dfsg)

  Bibliotek til at forespørge en stor samling af NGS-sekvenser

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  Tilbyd funktionalitet for zlib C-bibliotek i en C++-iostrøm

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.1)

  Tæl k-mers i DNA-sekvenser - dynamisk bibliotek for jellyfish

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download crac

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	2.5.2+dfsg-6+b1	472.7 kB	2,481.0 kB	[list of files]