Simuleringsværktøjer til at oprette syntetiske næstegenerationssekventeringslæsninger
ART er et sæt af simuleringsværktøjer til at oprette syntetiske
næstegenerationssekventeringslæsninger. ART simulerer
sekventeringslæsninger ved at efterligne virkelige sekventeringsprocesser
med empiriske fejlmodeller eller kvalitetsprofiler opsummeret fra store
justerede sekventeringsdata. ART kan også simulere læsninger via en
brugerejet læsefejlmodel eller kvalitetsprofiler. ART understøtter
simulering af single-end, parret ende/mate-pair-læsninger fra tre store
kommercielle næstegenerationssekventeringsplatforme: Illuminas Solexa,
Roches 454 og Applied Biosystems SOLID. ART kan bruges til at teste eller
sammenligne en række metoder eller værktøjer til
næstegenerationssekventeringsdataanalyse, herunder læsejustering, de
novo-samling, SNP- og variationsstrukturregistrering. ART blev brugt som et
primært værktøj til simuleringsundersøgelse af de 1.000 genomer projekt.
ART er implementeret i C ++ med optimerede algoritmer og er yderst effektiv
i læsningssimulering. ART udsender læsninger i FASTQ-format, og
sammenligninger i ALN-format. ART kan også oprette linjeføringer i
SAM-sammenligning eller UCSC BED-filformatet. Teknikken, kan anvendes
sammen med genomvariantsimulatorer (f.eks. VarSim) til evaluering af
variantkaldværktøjer eller -metoder.
