Package: sga (0.10.15-7 and others)

[ Source: sga  ]

De novo-genomsamler som bruger strenggrafer

Hovedformålet med SGA er at være meget hukommelseseffektivt, hvilket opnås ved at bruge en komprimeret repræsentation af DNA-sekvenslæsninger.

SGA er en novo-samler for DNS-sekvenslæsninger. Programmet er baseret på Gene Myers' strenggrafformulation af samling og bruger FM-index/Burrows-Wheeler-transform til effektivt at finde overlapninger mellem sekvenslæsninger.

Other Packages Related to sga

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 7)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• dep: python3-ruffus

  Python 3-bibliotek til beregning af datakanaler brugt indenfor bioinformatik

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: abyss

  De novo, parallel, sekvensassembler for korte læsninger

Download sga

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
i386	0.10.15-7+b1	876.3 kB	2,607.0 kB	[list of files]