Package: freecontact (1.0.21-14)

[ Source: freecontact  ]

Hurtig protein-kontaktprædiktor

FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).

FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.

En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.

Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.

Denne pakke indeholder kommandolinjeværktøjet freecontact(1).

Other Packages Related to freecontact

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21)

  Hurtig protein-kontaktprædiktor - bibliotek

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libxerces-c3.2t64

  validating XML parser library for C++

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• sug: bash-completion

  Programmerbar færdiggørelse for bashskallen

• sug: hhsuite

  Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning

• sug: hmmer

  Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse

Download freecontact

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	381.4 kB	1,809.0 kB	[list of files]